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Doxygen est un générateur de documentation sous licence libre capable de produire une documentation logicielle à partir du code source d'un programme. Pour cela, il tient compte de la grammaire du langage dans lequel est écrit le code source, ainsi que des commentaires s'ils sont écrits dans un format particulier.

Doxygen est capable d'analyser des fichiers sources écrits dans les langages C, Objective C, C#, PHP, C++, Java, Python, IDL, Fortran, VHDL, Tcl et dans une certaine mesure D.